بارگاه سیدالشهدا پس از ساختن قبر شریف آن حضرت در زمان بنی امیه بنا گردید، اخبار و روایت بسیاری آمده است که در زمان بنی امیه سقفی بر روی مزار امام و مسجدی (ظاهرا توسط بنی اسد) نزدیک آن ساخته شد و تا زمان هارون الرشید (سال 193) همچنان باقی بود.
هارون در دوران حکومتش و به دستور او درخت سدری که بر کنار مزار سایه افکنده بود، کندند، بنای قبر تخریب گردید و زمین آن شخم زده شد. اکنون یکی از درهای صحن مطهر باب السدره نام دارد شاید سبب نام گذاری آن باشد که در سمت این در درخت سدر یاد شده وجود داشته است.